Bár ezt a helyet „Pécsváradi vár” néven ismerjük, az elnevezés félrevezető, mert ez az épületegyüttes soha nem volt hadi értelemben vett vár. Voltak falai, bástyái, de azok feladata a benn élők védelme volt az esetleges rablótámadások ellen. Komoly ostrom kiállására nem voltak alkalmasak, arra a fennállása alatt nem is került sor.
Egy erődített hajdani szerzetesi monostor ez, melyet Szent István király alapított 998-ban, Koppány legyőzése után. Az itt álló kőépületet, amely Géza fejedelmi udvarháza volt, István Asztriknak adta, hogy benne Benedek-rendi – ahogy nálunk nevezik: bencés – szerzetesek számára létesítsen otthont.
A pécsváradi monostor a második bencés rendház volt Magyarországon. Az elsőt, a pannonhalmit, még Géza fejedelem alapította 996-ban. A monostoralapítás célja itt, a déli végeken kettős lehetett: elsősorban a keresztény hit terjesztése, a környék pogány lakosságának megtérítése volt a szerzetesek feladata. Nem szabad elfelejtkeznünk azonban arról sem, hogy a bencés rend dolgozó rend - ezt elárulja közismert jelmondatuk: „Ora et labora”, vagyis „Imádkozz és dolgozz”. A rend nyugat-európai házainak földjein a szerzetesek a kor színvonalához képest modern mezőgazdasági kultúrát fejlesztettek ki. Ennek magyarországi meghonosítása is nyilván célja volt annak, hogy a bencés rendet Géza is, István is hazánkba hívta. A pécsváradi monostort a király gazdagon ellátta földi javakkal. Az 1015-re keltezett (a Vatikánban őrzött) oklevél szerint 41 falu tette ki az apátság birtokát, benne 1136 fős háznéppel. Az oklevél részletesen felsorolja a szakembergárda tagjait, akik a monostort szolgálták, valamint az egyéb adományokat (pl. kelyheket), sőt azt is, hogy milyen büntetés jár annak, aki a monostort háborgatni merészeli.
A monostor a kezdetektől folyamatosan bővült, szépült. Az eredeti épületre egy 1157-es tűzvész után emeletet húztak, megépült az északi oldalon a bejárat barbakán bástyával – melynek egy szegmense még látható a bejárat előtt, farkasveremmel, felvonóhíddal. Később, a 13. században épült egy nagy, gótikus templom, s annak déli oldalán a 14. században a „kolostornégyzet”, azaz a bencés hagyományok szerinti négyszögletes udvar, körülötte a kerengő-folyosó, s az abból nyíló különböző rendeltetésű helyiségek, mint a káptalanterem, a közös étkezde (refektórium) stb. - ahogy ez szerencsésebb sorsú helyeken, pl. Pannonhalmán máig is látható. Az eredeti épület nyugati végéhez lakótornyot építettek, az épületegyüttest fallal vették körül, melyet bástyák tagoltak.
Mint szentistváni alapításnak, a pécsváradi monostornak rangja volt az Árpád-házi királyok idején. Szent István is és utódainak legtöbbje is biztosan járt a monostorban, a legtöbben kisebb-nagyobb adományokkal is gazdagították azt. Járt itt Szent Gellért is, akit éppen a pécsváradi apát és a pécsi püspök beszélt rá, hogy tervezett szentföldi zarándokútja helyett inkább a magyarok megtérítésén dolgozzon. Valamivel később Vak Béla, a trónért sikertelenül harcoló Álmos herceg megvakított fia élt huzamosabb ideig (1125-1128) e falak között. II. Béla királyként (1131-1141) hálából adományokkal gazdagította a monostort.

A pécsváradi monostor mint apátság igen jelentős hely volt Szent István korától a török időkig. A hittérítés befejezése után hiteles helyként működött (1254-1526), azaz itt foglalták írásba a különböző jogügyleteket, birtok-adásvételekkel kapcsolatos egyezségeket. Ma a közjegyzők végzik az ilyen feladatokat. Hiteles hely annak idején olyan intézmény lehetett, amely iránt kellő bizalommal voltak a hivatalos szervek és a magánügyfelek egyaránt. A mindenkori pécsváradi apát jelentős közjogi méltóság volt. Többen az apátok közül pápai megbízatást is kaptak.
A monostor életének a török hódítás vetett véget. A mohácsi csata (1526) után 1539-ben a szerzetesek elmenekültek Pécsváradról. A magára hagyott épületegyüttest, bár falakkal rendelkezett, az akkori hadvezetés nem tartotta megvédhetőnek a török haderővel szemben, ezért a katonák az épületeket és a falakat megrongálták – hogy a török ne használhassa –, és visszavonultak. A törökök csak négy évvel később, 1543-ban foglalták el Pécsváradot. A romos monostorral nem foglalkoztak, nem állították helyre azt és nem építettek benne semmit. A megrongált épületek állaga a hódoltság hosszú ideje alatt tovább romlott.
A török elvonulása (1686) után a bencés szerzetesek nem jöttek vissza pécsváradi monostorukba. Az apátság elnéptelenedett birtokait a 18. század elején németekkel telepítették be. A monostor kerítőfalait felépítették, s a birtok intézősége számára az északkeleti sarokban két földszintes épületet emeltek. Akkor nyitották a nagy kaput, ami most a szálloda bejáratául szolgál (rajta az évszám: 1729). Nagyjából épen maradt a 10-11. századi kápolna, a palota földszinti része (az emeletet helyreállították) és a délkeleti bástya. A további épületeket nem állították helyre, hanem elbontották, a köveit más építkezésekhez használták fel. A fallal kerített területet gazdasági udvarként hasznosították.

Bár apátság nem volt többé, a „Pécsváradi apát” címet – a birtok jövedelmével együtt – rendszeresen adományozták. Az utolsó ilyen „címzetes” apát Gróf Hugo Franz Karl von Eltz-Kempenich mainzi érseki helynök volt (1739-1779). Az ő nevéhez fűződik a vár feletti plébániatemplom felépítése, amit nagyrészt az uradalom jövedelméből finanszírozott. Halála után Mária Terézia úgy döntött, hogy az egykori apátsági birtok túl értékes ahhoz, hogy a bevétele ellenőrizetlenül elfolyjon, Közalapítványi Uradalmat létrehozva célvagyonná tette: a Budai Tudományos Egyetem fenntartása lett a feladata. A közalapítvány központját a várban rendezték be.
A közalapítványi birtokközpont, azaz a vár 1945-től az állami erdészet központja lett, amely 1969-ig maradt a falak között. A régészeti kutatások a monostor területén 1957-ben kezdődtek és 1987-ig tartottak. Azok során feltárták és láthatóvá tették a török időben ledőlt épületek alapfalait, restaurálták a 10. századi épületet, benne a kápolnát, kialakították a kőtárat, látogathatóvá tették a monostor megmaradt részeit. Az 1980-as évek végén alakították ki a korábbi irodák helyén az éttermet, a fölé épült manzárdtető alatt a szállodát. Ebben a formában 1988-ban ünnepélyes keretek között adták át a látogatóknak.